Конкурентным преимуществом АО «НВНИИГГ» является его ориентация на использование в своей работе инновационных технологий, большой опыт в деле их разработки и внедрения в производство, значительные объемы накопленной в институте за все годы его функционирования геолого-геофизической информации по старым нефтегазоносным провинциям РФ, мультидисциплинарный состав специалистов института, работающих в тесной связи друг с другом, их высокие профессиональные навыки и весьма богатый опыт работ в различных по степени сложности геологических условиях на разных этапах геологоразведочного процесса. В отличие от, как правило, узкопрофильных производственных организаций, АО «НВНИИГГ», имея в своей структуре специалистов различной профессиональной направленности, обладает возможностью решения существенно более широкого спектра прикладных задач в области геологоразведки, как текущего, так и перспективного планов, с учетом региональных особенностей территории проведения работ и результатов, полученных на сопредельных территориях.